Türk-İslam felsefesi profesörü ve âlim Hüseyin Atay, 1930 yılında Rize'nin İkizdere ilçesinin Güneyce köyünde dünyaya geldi. Daha sonra ailesiyle beraber İstanbul’a gelen Atay, eğitim hayatını devam ettirirken hususî olarak İstanbul'da Şehzadebaşı İbrahim Paşa Camii imamı ve hatibi Hacı Hasib Efendi'den Arapça okumaya başladı. Kumkapı Ortaokulu'na devam ederken de İstanbul müftülüğünde müderris olan M. Asım Hacı Bilaloğlu'ndan Arapça okumaya devam etti. Ortaokulu başarıyla bitirince 1945'ten 1948 yılına kadar Mustafa Gümülcüneli'den, Medreset-ul Kudat hocalarından Ahıskalı Ali Haydar'dan ve sonradan Rize müftüsü olan müderris Yusuf Ziya Karal'dan İstanbul medreselerinde okutulan bütün ilimlerin yanında medrese programlarında olmayan ilimleri de tahsil etti.
1948 yılına gelindiğinde Bağdat'a gidip liseyi orada bitirdi. 1954'de Bağdat İlahiyat Fakültesi'ni birincilikle bitirdi. Bağdat'ta gerek lise ve gerekse fakülte tahsili esnasında oranın müderrislerinden de hususi olarak Tefsir, Hadis, Fıkıh, Usul ül-Fıkh, Kelam, Mantık, Arap Edebiyatı, Arapça, Feraiz, (Miras Hukuku) ve İlm-i Heyet okudu.
26 Kasım 1956'da Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'ne İslâm Felsefesi asistanı olarak girdi. Akademik anlamda kariyerinin yükselmeye başladığı yıl 1960 senesidir, bu yılda "Kur'an'a göre iman esasları" adlı teziyle doktorasını verdi ve 1960-61 yıllarında sıkı bir çalışma ertesinde merhum Doç. Dr. Yaşar Kutluay'la beraber Diyanet İşleri Başkanlığı'nın yayınladığı Kur'ân-ı Kerim'in Türkçe meâlini hazırladı. Ankara Üniversitesi tarafından İbranice'yi öğrenmek için iki sene müddetle iki asistan arkadaşıyla İsrail'e gönderildi. Bu suretle İslâm felsefesinin İbranice'ye yapılan tercümelerini ve Yahudiler yoluyla Avrupa'ya geçişini doğrudan doğruya inceleme fırsatını buldu.
İlim hayatında, özellikle geleneksel İslam anlayışında belirleyici olan bir takım tarikat ve cemaatlerin çemkinerek yaklaştığı Kelam ve Mantık konularına odaklanmıştır. 1968 yılında "Fârâbî ve İbn-i Sînâ'ya Göre Yaratma" adlı teziyle İslâm Felsefesi'nde doçent oldu. Doçent olduktan sonra Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde Kelam dersi vermeye başladı. Bunun yanı sıra (1969) İslam Hukuk Felsefesi (Usul ül-Fıkh) dersini de uzun yıllar okutmuştur. 1969-71 öğretim yıllarında Konya Yüksek İslam Enstitüsü'nde klasik mantık okuttu. Kelam alanında yaptığı çalışmalar sonucunda 1974 yılında Kelâm profesörü oldu ve aynı yıl kurulan Kelam İlmi Kürsüsüne başkan seçildi.
1974-75 öğretim yılında Harvard Üniversitesi'nin daveti üzerine Aile planlaması, Ahlak, Din ve Hukuk Felsefesiyle ilgili araştırmalarda bulundu. 1975-76 öğretim yılında Chicago Üniversitesi'nin daveti üzerine İslamiyet'in Değişen Toplum Karşısında Durumu'nu konu alan altı İslam memleketinin ilim adamlarının katıldığı seminerle yönetici olarak katıldı.
1980-82 yılları arasında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde dekanlık yapmıştır. 1985-89 yıllarında Kral Fahd Petrol ve Madenler Üniversitesi'nin daveti üzerine Dhahran, Suudi Arabistan'da İslam Dini Esasları dersi verdi.
1989 yılında Türkiye'ye Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'ndeki görevine geri döndü. Kelam kürsüsü başkanı olarak 1997 yılında emekli olmasına rağmen aynı fakültede yüksek lisans ve doktora dersleri vermeye devam etti ve bu görevini hâlâ sürdürmektedir.