Babanzade Ahmed Naim 1872 yılında Bağdat’ta doğdu. Babası Baban oğullarından son asrın tanınmış ilim ve idare adamlarından Mustafa Zihni Paşa’dır. Mustafa Zihni Paşa, Mithat Paşa’nın Bağdat valiliğinde mektupçuluğunu yapmıştır.
Eğitimine Bağdat’ta başladı. Bağdat Rüştiyesi'nin orta kısmını bitirdi. Sonra İstanbul’a geldi. Galatasaray Sultanisi ve Mülkiye Mektebi’nde okudu.
Bir ara Hariciye Nezareti Tercüme Kalemi’nde çalıştıktan sonra Maarif Nezareti Yüksek Tedrisat Müdürlüğüne getirildi. (1911–1912) Galatasaray Sultanisi’nde Arapça okuttu. (1912–1914) Maarif Nezareti Telif ve Tercüme Odası üyeliğinde bulundu (1914–1915). Bu görevini Darülfünun’un lağvedilmesine kadar (1933) fasılasız olarak sürdürdü.
1915 yılında Darülfünun Edebiyat Fakültesi’nde ders vermeye başladı. Fakültede mantık, felsefe, ruhiyat ve ahlak derslerini okuttu. Bir ara Darülfünun rektörlüğünde bulundu. Döneminde Arapça ve Fransızca’yı en iyi bilenlerden biri olarak kabul edildi ve bir dönem Galatasaray Lisesi’nde Arapça ve Akaid hocası olarak görev yaptı.
Ahmed Naim İstanbul’da 13 Ağustos 1934 Pazartesi günü öğle namazının ikinci rekatında secdede vefat etti. Kabri Edirnekapı Mezarlığı’nda, dostu Mehmet Akif Ersoy’un mezarının yanındadır.